| |
 |
|
|
|
|
|
| Detalji projekta |
| Administrativni broj : |
5057 |
| Naziv projekta: |
Sustav za in silico osmišljavanje novih biološko aktivnih kemijskih entiteta |
| Glavni istraživač: |
Daslav Hranueli |
| Ustanova: |
Prehrambeno-biotehnološki fakultet |
| Status: |
završen |
| Trajanje: |
36 mj. |
| Datum ugovaranja: |
18.7.2006 |
| Iznos: |
980.000,00 kn |
| E-pošta: |
dhranueli@pbf.hr |
| Telefon: |
|
| Suradnici: |
|
| Sadržaj: |
Modularni poliketidi i neribosomalno sintetizirani peptidi su vrlo važni za farmaceutsku i agro industriju. Svaki modul njihove biosintetske genske nakupine sadržava genetičku uputu za jedan stupanj tih višestupanjskih biosintetskih procesa. U posljednje je vrijeme u svijetu sve veće zanimanje za generiranje novih kemijskih supstancija genetičkim reprogramiranjem takvih genskih nakupina u uvjetima in vitro (postupcima tzv. kombinatorne biosinteze; 1,2*). Međutim, značajna je prepreka uspješnosti tog reprogramiranja činjenica da većina promjena provedenih u uvjetima in vitro dovodi do vrlo malih prinosa ili do potpunog izostanka sinteze kemijskog produkta. Ovaj se projekt temelji na zamisli da bi konstrukcija novih genskih nakupina procesom homologne rekombinacije (3) bila uspješnija, jer bi taj tip rekombinacije pogodovao spajanju srodnih sekvencija i tako smanjio probleme što nastaju zbog spajanja sekvencija koje nisu prirodne (4). Svrha je ovoga projekta generiranje baze podataka novih kemijskih spojeva u uvjetima in silico, koji bi se zatim mogli testirati na biološku aktivnost primjenom tehnologije "CDD"-a. To će se postići izradom cjelovitoga programskog paketa što će osim baze podataka sadržavati računalne programe za njezino automatsko popunjavanje, modeliranje procesa homologne rekombinacije, procesa pretvorbe sekvencija DNA u sekvencije linearnih kemijskih struktura i procesa pretvorbe linearnih u cikličke strukture. (*Prilog 3) |
| Oprema: |
|
| English |
| Title: |
|
| Summary: |
Modular polyketides and non-ribosomal peptides are very important for the pharmaceutical and agricultural industries. Each module of a biosynthetic cluster encodes one step of the multi-step biosynthesis process. There has been a lot of interest in the last few years in generating new compounds by manipulating the programming of such clusters in vitro (e.g. the idea of combinatorial biosynthesis). However, an important barrier to the progress is the fact that most changes made by in vitro methods result in very low yields or no detectable product. This project is based on the idea that the generation of novel clusters by homologous recombination systems is likely to be more successful in terms of yield, because homologous recombination will favour more closely related sequences and should reduce problems caused by incompatible junctions. The aim of this project is to generate a library of virtual compounds that can be used for in silico screening using CDD technology. This will be achieved by the development of the integral program package that will contain computer programs to automatically fill in the database, and the computer programs for modelling the processes of: homologous recombination, the transformation of the DNA sequences into the sequences of linear chemical structures and the process of transformation of linear chemical structures into the cyclic structures. |
|
|
|
|
|
|
